Здание дворца Наместника со своими службами располагается на прежней воеводской части Тобольского кремля; заключает в себе фрагменты строения приказной палаты, построенной С. У. Ремезовым в начале XVIII века. Более трех веков осуществлялось отсюда управление огромными территориями Сибири. Приспособление здания бывшего дворца Наместника под филиалы ТГИАМЗ: музей истории города, музей этнографии и музей природы позволит увеличить экспозиционные площади ТГИАМЗ почти на 3000 кв.м.

Строительство здания Дворца наместника (Губернского правления) велось с 1780-го по 1782 г. После Пугачевского восстания Екатериной II была проведена реформа органов местного самоуправления, в результате которой в Сибири образовалось три наместничества: Тобольское, Иркутское и Колыванское. В связи с этим в Тобольске за полтора года до официального открытия наместничества в срочном порядке начали сооружать резиденцию наместника — трехэтажное каменное здание со службами. Дворец был построен на месте обветшавшей Приказной палаты (построенной по проекту С.У. Ремезова в 1704-1706 гг.).

Сохранившийся к тому времени первый этаж Приказной палаты вошел в состав дворца наместника. Величавый трехэтажный корпус Дворца стал самым крупным административным зданием в Тобольске. Пожар 1788 г. оставил от наместнического дворца только стены. Почти пол века дворец стоял в развалинах. Только в 1831 г. он был восстановлен, но уже в новом виде. Проект нового дворца разработал петербургский архитектор Д. Висконти. К этому времени наместничество было уже упразднено. Тобольск опять стал губернским городом, поэтому здание было отдано под губернские присутственные места. Протяженный прямоугольный блок этого здания главным фасадом обращен в Нижний город, а другим — на парадный внутренний двор перед ним.

Архитектура дворца наместника отличается логичностью и строгостью облика, соответствующего эстетическим принципам классицизма. На первом этаже разместилась канцелярия губернского прокурора и окружное казначейство с кладовыми, на втором — губернский совет и губернское правление, на третьем — казенная палата. До недавнего времени здесь находился рыбопромышленный техникум. После проведения реставрационных работ в здании разместился музей истории Тобольской губернии.